Výzkum několika evropských institucí přinesl nový pohled na ekosystémy, které žijí v lidské kůži. Popsal rozsáhlý okem neviditelný svět bakterií, virů a dalších mikroorganismů, které tvoří zdravou kůži, ale mnohdy také způsobují problémy. A odhalil také vědě doposud neznámé druhy.
Jako mikrobiom se označují společenství mikroorganismů. Ty se nacházejí úplně všude, od oceánů a půdy až po lidská střeva a nebo povrch kůže. Předpokládá se, že kožní mikrobiom hraje klíčovou roli ve zdraví a nemocech kůže, ale je zatím jen nedostatečně popsán. Některé mikroorganismy v kožním mikrobiomu jsou ale spojené s různými kožními onemocněními, včetně těch nejrozšířenějších, jako jsou třeba akné nebo ekzémy.
V nové studii, která vyšla v časopise Nature Microbiology, vědci sekvenovali genomy mikroorganismů nalezených v 594 vzorcích, které odebrali z různých povrchů kůže od dvanácti zdravých dobrovolníků. Kombinací tradiční laboratorní kultivace a sekvenování se jim podařilo vytvořit sbírku genomů kožních mikrobů, která bude sloužit jako referenční vzor pro lidský kožní mikrobiom.
Kůže je na život bohatá jako deštný prales
„Objevili jsme tisíce virových sekvencí včetně mnoha takzvaných jumbo-fágů, tedy obrovských virů, které jsou schopné infikovat bakterie. Ty se vyskytovaly nejčastěji na povrchu rukou a nohou našich dobrovolníků,“ uvedla Sara Kashafová, která se na studii podílela.
„Tyto oblasti těla mají velmi rozmanité mikrobiomy, což dává smysl, protože se rukama neustále dotýkáme nových věcí v našem prostředí. Cílem naší budoucí práce bude pochopit, co tyto různé druhy mikrobů v těchto společenstvích dělají.“
Tato studie se věnovala lidem ze Severní Ameriky, ale v budoucnu by vědci chtěli rozšířit zkoumané osoby o rozmanitější populace z různých koutů planety. „Tato práce je významným krokem k získání kompletního genomického obrazu kožního mikrobiomu,“ uvedla Julie Segreová, která byla součástí týmu. „Doufáme, že tato data se stanou základem pro budoucí výzkumy, které zlepší naše chápání zdraví a nemocí kůže.“
Nový svět pod mikroskopem
Tato sbírka přináší úplně nový pohled na svět, jímž je lidská kůže. Obsahuje totiž 174 dosud neznámých druhů bakterií, čtyři nové houby a dvacet nových jumbo-fágů – tedy virů s 3 až 5krát větším genomem, než má průměrný virus. Vědci zatím pracovali s velmi neúplnou znalostí bakteriálního složení lidské kůže. Tento výzkum ale rozšiřuje katalog známých kožních bakterií o celou čtvrtinu.
„Kromě bakterií a virů, které běžně získáváme, jsme v lidské kůži nalezli také dvanáct genomů jednobuněčných eukaryot – tedy hub, jako jsou kvasinky. Některé z těchto genomů jsme už znali – například houbu Malassezia globosa, která je spojována s mykobiomem zdravé kůže, ale také s onemocněními, jako jsou lupy,“ popsal Rob Finn, který vedl část výzkumu.
„Když jsme se podívali na tyto nově objevené organismy detailněji, ukázalo se, že jeden z nich je velmi častý u všech dobrovolníků a může se vyskytovat u mnoha z nás,“ doplňuje vědec.
Data budou už brzy volně dostupná všem vědcům světa díky databázi, v níž budou shromážděny informace o nejrůznějších mikrobiomech, včetně těch v lidských střevech.
